CanIsoNet: a database to study the functional impact of isoform switching events in diseases
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Publikationsdatum
17.04.2023
Typ der Arbeit
Studiengang
Typ
01A - Beitrag in wissenschaftlicher Zeitschrift
Herausgeber:innen
Herausgeber:in (Körperschaft)
Betreuer:in
Übergeordnetes Werk
Bioinformatics Advances
Themenheft
DOI der Originalpublikation
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Reihe / Serie
Reihennummer
Jahrgang / Band
3
Ausgabe / Nummer
1
Seiten / Dauer
Patentnummer
Verlag / Herausgebende Institution
Oxford University Press
Verlagsort / Veranstaltungsort
Auflage
Version
Programmiersprache
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Praxispartner:in/Auftraggeber:in
Zusammenfassung
Motivation: Alternative splicing, as an essential regulatory mechanism in normal mammalian cells, is frequently disturbed in cancer and other diseases. Switches in the expression of most dominant alternative isoforms can alter protein interaction networks of associated genes giving rise to disease and disease progression. Here, we present CanIsoNet, a database to view, browse and search isoform switching events in diseases. CanIsoNet is the first webserver that incorporates isoform expression data with STRING interaction networks and ClinVar annotations to predict the pathogenic impact of isoform switching events in various diseases.
Results: Data in CanIsoNet can be browsed by disease or searched by genes or isoforms in annotation-rich data tables. Various annotations for 11 811 isoforms and 14 357 unique isoform switching events across 31 different disease types are available. The network density score for each disease-specific isoform, PFAM domain IDs of disrupted interactions, domain structure visualization of transcripts and expression data of switched isoforms for each sample is given. Additionally, the genes annotated in ClinVar are highlighted in interactive interaction networks.
Availability and implementation: CanIsoNet is freely available at https://www.caniso.net. The source codes can be found under a Creative Common License at https://github.com/kahramanlab/CanIsoNet_Web.
Schlagwörter
Fachgebiet (DDC)
600 - Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften
Veranstaltung
Startdatum der Ausstellung
Enddatum der Ausstellung
Startdatum der Konferenz
Enddatum der Konferenz
Datum der letzten Prüfung
ISBN
ISSN
2635-0041
Sprache
Englisch
Während FHNW Zugehörigkeit erstellt
Ja
Zukunftsfelder FHNW
Publikationsstatus
Veröffentlicht
Begutachtung
Peer-Review der ganzen Publikation
Open Access-Status
Gold
Lizenz
Zitation
KARAKULAK, Tülay, Damian SZKLARCZYK, Cemil Can SAYLAN, Holger MOCH, Christian VON MERING und Abdullah KAHRAMAN, 2023. CanIsoNet: a database to study the functional impact of isoform switching events in diseases. Aida OUANGRAOUA (Hrsg.), Bioinformatics Advances. 17 April 2023. Bd. 3, Nr. 1. DOI 10.1093/bioadv/vbad050. Verfügbar unter: https://doi.org/10.26041/fhnw-5342