Gene editing of NCF1 loci is associated with homologous recombination and chromosomal rearrangements
Autor:in (Körperschaft)
Publikationsdatum
09.10.2024
Typ der Arbeit
Studiengang
Sammlung
Typ
01A - Beitrag in wissenschaftlicher Zeitschrift
Herausgeber:innen
Herausgeber:in (Körperschaft)
Betreuer:in
Übergeordnetes Werk
Communications Biology
Themenheft
DOI der Originalpublikation
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Reihe / Serie
Reihennummer
Jahrgang / Band
7
Ausgabe / Nummer
1
Seiten / Dauer
1291
Patentnummer
Verlag / Herausgebende Institution
Nature
Verlagsort / Veranstaltungsort
Auflage
Version
Programmiersprache
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Praxispartner:in/Auftraggeber:in
Zusammenfassung
CRISPR-based genome editing of pseudogene-associated disorders, such as p47phox-deficient chronic granulomatous disease (p47 CGD), is challenged by chromosomal rearrangements due to presence of multiple targets. We report that interactions between highly homologous sequences that are localized on the same chromosome contribute substantially to post-editing chromosomal rearrangements. We successfully employed editing approaches at the NCF1 gene and its pseudogenes, NCF1B and NCF1C, in a human cell line model of p47 CGD and in patient-derived human hematopoietic stem and progenitor cells. Upon genetic engineering, a droplet digital PCR-based method identified cells with altered copy numbers, spanning megabases from the edited loci. We attributed the high aberration frequency to the interaction between repetitive sequences and their predisposition to recombination events. Our findings emphasize the need for careful evaluation of the target-specific genomic context, such as the presence of homologous regions, whose instability can constitute a risk factor for chromosomal rearrangements upon genome editing.
Schlagwörter
Fachgebiet (DDC)
600 - Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften
Veranstaltung
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Datum der letzten Prüfung
ISBN
ISSN
2399-3642
Sprache
Englisch
Während FHNW Zugehörigkeit erstellt
Ja
Zukunftsfelder FHNW
Publikationsstatus
Veröffentlicht
Begutachtung
Peer-Review der ganzen Publikation
Open Access-Status
Gold
Lizenz
Zitation
RAIMONDI, Federica, Kah Mun SIOW, Dominik WRONA, Carla FUSTER-GARCÍA, Oleksandr PASTUKHOV, Michael SCHMITZ, Katja BARGSTEN, Lucas KISSLING, Daan C. SWARTS, Geoffroy ANDRIEUX, Toni CATHOMEN, Ute MODLICH, Martin JINEK, Ulrich SILER und Janine REICHENBACH, 2024. Gene editing of NCF1 loci is associated with homologous recombination and chromosomal rearrangements. Communications Biology. 9 Oktober 2024. Bd. 7, Nr. 1, S. 1291. DOI 10.1038/s42003-024-06959-z. Verfügbar unter: https://doi.org/10.26041/fhnw-11824