Systems analysis reveals high genetic and antigen-driven predetermination of antibody repertoires throughout B cell development
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Autor:innen
Menzel, Ulrike
Weber, Cédric
Riedel, René
Cook, Skylar
Valai, Atijeh
Lopes, Telma
Radbruch, Andreas
Winkler, Thomas H.
Autor:in (Körperschaft)
Publikationsdatum
16.05.2017
Typ der Arbeit
Studiengang
Typ
01A - Beitrag in wissenschaftlicher Zeitschrift
Herausgeber:innen
Herausgeber:in (Körperschaft)
Betreuer:in
Übergeordnetes Werk
Cell Reports
Themenheft
DOI der Originalpublikation
Link
Reihe / Serie
Reihennummer
Jahrgang / Band
19
Ausgabe / Nummer
7
Seiten / Dauer
1467-1478
Patentnummer
Verlag / Herausgebende Institution
CellPress
Verlagsort / Veranstaltungsort
Auflage
Version
Programmiersprache
Abtretungsempfänger:in
Praxispartner:in/Auftraggeber:in
Zusammenfassung
Antibody repertoire diversity and plasticity is crucial for broad protective immunity. Repertoires change in size and diversity across multiple B cell developmental stages and in response to antigen exposure. However, we still lack fundamental quantitative understanding of the extent to which repertoire diversity is predetermined. Therefore, we implemented a systems immunology framework for quantifying repertoire predetermination on three distinct levels: (1) B cell development (pre-B cell, naive B cell, plasma cell), (2) antigen exposure (three structurally different proteins), and (3) four antibody repertoire components (V-gene usage, clonal expansion, clonal diversity, repertoire size) extracted from antibody repertoire sequencing data (400 million reads). Across all three levels, we detected a dynamic balance of high genetic (e.g., >90% for V-gene usage and clonal expansion in naive B cells) and antigen-driven (e.g., 40% for clonal diversity in plasma cells) predetermination and stochastic variation. Our study has implications for the prediction and manipulation of humoral immunity.
Schlagwörter
Systems immunology, Lg-seq, Bioinformatics
Fachgebiet (DDC)
600 - Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften
Veranstaltung
Startdatum der Ausstellung
Enddatum der Ausstellung
Startdatum der Konferenz
Enddatum der Konferenz
Datum der letzten Prüfung
ISBN
ISSN
2211-1247
2639-1856
2639-1856
Sprache
Englisch
Während FHNW Zugehörigkeit erstellt
Nein
Publikationsstatus
Veröffentlicht
Begutachtung
Peer-Review der ganzen Publikation
Open Access-Status
Gold
Lizenz
Zitation
GREIFF, Victor, Ulrike MENZEL, Enkelejda MIHO, Cédric WEBER, René RIEDEL, Skylar COOK, Atijeh VALAI, Telma LOPES, Andreas RADBRUCH, Thomas H. WINKLER und Sai T. REDDY, 2017. Systems analysis reveals high genetic and antigen-driven predetermination of antibody repertoires throughout B cell development. Cell Reports. 16 Mai 2017. Bd. 19, Nr. 7, S. 1467–1478. DOI 10.1016/j.celrep.2017.04.054. Verfügbar unter: https://doi.org/10.26041/fhnw-9966