Comparison of methods for phylogenetic B-cell lineage inference using time-resolved antibody repertoire simulations (AbSim)

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Autor:innen
Yermanos, Alexander
Krautler, Nike Julia
Menzel, Ulrike
Dounas, Andreas
Oxenius, Annette
Stadler, Tanja
Reddy, Sai T.
Autor:in (Körperschaft)
Publikationsdatum
31.08.2017
Typ der Arbeit
Studiengang
Sammlung
Institut für Medizintechnik und Medizininformatik
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Typ
01A - Beitrag in wissenschaftlicher Zeitschrift
Herausgeber:innen
Herausgeber:in (Körperschaft)
Betreuer:in
Übergeordnetes Werk
Bioinformatics
Themenheft
DOI der Originalpublikation
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx533
URI
https://irf.fhnw.ch/handle/11654/46909
Link
Reihe / Serie
Reihennummer
Jahrgang / Band
33
Ausgabe / Nummer
24
Seiten / Dauer
3938-3946
Patentnummer
Verlag / Herausgebende Institution
Oxford University Press
Verlagsort / Veranstaltungsort
Auflage
Version
Programmiersprache
Abtretungsempfänger:in
Praxispartner:in/Auftraggeber:in
Zusammenfassung
Motivation: The evolution of antibody repertoires represents a hallmark feature of adaptive B-cell immunity. Recent advancements in high-throughput sequencing have dramatically increased the resolution to which we can measure the molecular diversity of antibody repertoires, thereby offering for the first time the possibility to capture the antigen-driven evolution of B cells. However, there does not exist a repertoire simulation framework yet that enables the comparison of com monly utilized phylogenetic methods with regard to their accuracy in inferring antibody evolution.
Schlagwörter
Fachgebiet (DDC)
600 - Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften
Projekt
Veranstaltung
Startdatum der Ausstellung
Enddatum der Ausstellung
Startdatum der Konferenz
Enddatum der Konferenz
Datum der letzten Prüfung
ISBN
ISSN
1367-4803
1367-4811
Sprache
Englisch
Während FHNW Zugehörigkeit erstellt
Nein
Zukunftsfelder FHNW
Publikationsstatus
Veröffentlicht
Begutachtung
Peer-Review der ganzen Publikation
Open Access-Status
Closed
Lizenz
Zitation
YERMANOS, Alexander, Victor GREIFF, Nike Julia KRAUTLER, Ulrike MENZEL, Andreas DOUNAS, Enkelejda MIHO, Annette OXENIUS, Tanja STADLER und Sai T. REDDY, 2017. Comparison of methods for phylogenetic B-cell lineage inference using time-resolved antibody repertoire simulations (AbSim). Janet KELSO (Hrsg.), Bioinformatics. 31 August 2017. Bd. 33, Nr. 24, S. 3938–3946. DOI 10.1093/bioinformatics/btx533. Verfügbar unter: https://irf.fhnw.ch/handle/11654/46909
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